Las actividades de Investigación desarrolladas por la Fundación SEPI se encuentran encuadradas dentro de los siguientes grupos:

• Centro de Investigación en Economía Aplicada (CIEA)

  Los análisis sobre asuntos económicos, sociales y los relativos a las políticas públicas son una tarea esencial en el contexto actual. El instrumental analítico de la economía puede ser utilizado en el estudio de otras áreas del comportamiento humano. Sobre esa base, la misión del CIEA es ofrecer una reflexión, de naturaleza esencialmente económica, sobre asuntos tales como la economía industrial, la hacienda pública, el capital humano, la competitividad, la productividad, la investigación desarrollo e innovación, la provisión de bienes culturales, la educación, la financiación local y autonómica o la sanidad. El objetivo es producir documentos fundamentados científicamente que proporcionen a la sociedad una base para la mejor comprensión, análisis y discusión de esos asuntos.

• Encuesta sobre Estrategias Empresariales (ESEE)

  La Fundación SEPI realiza anualmente una encuesta de panel, dirigida a empresas industriales manufactureras radicadas en España, denominada Encuesta sobre Estrategias Empresariales. La ESEE tiene su origen en un acuerdo suscrito en el año 1990 entre el Ministerio de Industria y la Fundación SEPI, que se responsabilizó del diseño, control y realización de la encuesta. Desde esa fecha se ha encuestado una media anual de 1800 empresas industriales a partir de un cuestionario de 107 preguntas, con más de 500 campos, que incorpora asimismo información sobre sus cuentas de resultados y balances contables. La Fundación preserva la consistencia y calidad de la serie y también produce el informe y las tablas estadísticas.

• Publicaciones de la Fundación SEPI

  Las investigaciones llevadas a cabo dentro de la fundación SEPI están recogidas en libros y documentos de trabajo que, en su mayoría, están disponibles en formato PDF en la página web de la Fundación.
  
  La Fundación SEPI editó durante el periodo 1976 y 2009 la revista Investigaciones Económicas. En ella publicaron sus trabajos científicos destacados economistas españoles y extranjeros y constituyó un instrumento esencial para la instrucción académica y profesional de los economistas españoles. Con criterios para la selección de artículos para su publicación basados en las mejores prácticas internacionales, de las 142 revistas españolas de ciencias sociales Investigaciones Económicas fue la de mayor Impacto Acumulativo Histórico durante el periodo 1994-2009. En el año 2009, Investigaciones Económicas se fusionó con la revista Spanish Economic Review, publicada por la Asociación Española de Economía, dando lugar a la nueva publicación: SERIEs (acrónimo de Spanish Economic Review-Investigaciones Económicas). SERIEs está indiciada en el Social Sciences Citation Index y en el Journal of Citation Report/Social Science Edition, y apareció por primera vez con Factor de Impacto en el Journal of Citation Reports de 2012.